Sukladno sudskim odlukama, u zatvorskom sustavu borave zatvorenici koji imaju status:
- istražnog zatvorenika (osoba prema kojoj je odlukom suda određen istražni zatvor),
- prekršajnog kažnjenika (osoba kojoj je kazna zatvora izrečena u prekršajnom postupku ili je novčana kazna zamijenjena kaznom zatvora),
- zatvorenika (osoba kojoj je izrečena kazna zatvora zbog kaznenog djela, a nalazi se na izdržavanju kazne zatvora u kaznionici ili zatvoru ili osoba protiv koje se primjenjuje mjera istražnog zatvora),
- osobe u prekršajnom zadržavanju (osoba kojoj je sud nalogom odredio zadržavanje po nekoj od osnova za zadržavanje Prekršajnog zakona),
- maloljetnici (osoba protiv kojoj je izrečena odgojna mjera)
Izvršavanje kazne zatvora započinje upućivanjem zatvorenika u kaznionicu ili zatvor, a izvršavanje odgojne mjere upućivanjem maloljetnika u odgojni zavod.
Upućivanje na izvršavanje kazne zatvora u nadležnosti je suca izvršenja nadležnog županijskog suda.
Rješenjem sudac izvršenja osobu osuđenu na kaznu zatvora dulju od šest mjeseci upućuje u Centar za dijagnostiku u Zagrebu, a osobu osuđenu na kaznu zatvora do šest mjeseci upućuje u zatvor najbliži mjestu prebivališta zatvorenika.
Rad zatvorskog sustava financira se iz sredstava Državnog proračuna Republike Hrvatske.
Nadzor nad izvršavanjem kazne zatvora i mjere istražnog zatvora te nadzor nad postupanjem sa zatvorenicima u nadležnosti je, od tijela državne vlasti, Ministarstva pravosuđa, županijskog suda, Ministarstva zdravlja, Ministarstva socijalne politike i mladih te Ministarstva znanosti, prosvjete i sporta. Uz navedena tijela nadzore obavljaju i Pučki pravobranitelj, Pravobranitelj za djecu, Pravobranitelj/ica za ravnopravnost spolova, Pravobranitelj za osobe s invaliditetom, a nadzor nad postupanjem sa zatvorenicima Europski odbor za sprječavanje mučenja, neljudskog ili ponižavajućeg postupanja ili kažnjavanja Vijeća Europe (CPT).
U te nadzore povremeno se uključuju i nevladine udruge koje se bave zaštitom ljudskih prava, a prisutnost takvih udruga samo povećava transparentnost zatvorskog sustava, kao i razinu zaštite ljudskih prava zatvorenika jer oni u pravilu ukazuju na opće probleme.
