Za učinkovitu borbu protiv korupcije potrebno je, prije svega, prepoznati njezine uzroke, odnosno područja koja predstavljaju korupcijske rizike, a kako bi se njima moglo upravljati u smislu sužavanja prostora za pojavu koruptivnog djelovanja.
Razina korupcije može se dovesti u vezu s kulturom, mentalitetom i tradicijom pojedinog društva. Budući da se društva obično razlikuju u razumijevanju i razlikovanju javnih od privatnih interesa (npr. u društvima u kojima je korupcija bila gotovo legalna, znatno je teže promijeniti životne navike i način razmišljanja) - neki tvrde da je korupcija određena moralom. To upućuje na uzroke korupcije na osobnoj razini.
Korupcija ovisi o strukturi i načinu funkcioniranja državne uprave, odnosno na manjkavosti sustava (poslovnih procesa u institucijama, zakonodavnog okvira, nedostatka pravila postupanja, nedostatka kontrole itd.), koji omogućuju korupciju, što upućuje na uzroke i na institucionalnoj razini.
Korupcija je, dakle, sklona pojaviti se tamo gdje se ukaže ''povoljna prilika'', gdje nema mehanizama kontrole ni rizika, te gdje ne postoje standardi osobnog integriteta i profesionalne etike.
Navedena formula važna je jer kao antikoruptivni mehanizam uvodi profesionalnu etiku – norme profesionalnog ponašanja s opisom prihvatljivih i neprihvatljivih oblika ponašanja i nužnost treninga državnih službenika u cilju izgradnje njihovih etičkih kompetencija – sposobnosti za prepoznavanje, rješavanje i obrazloženje etičkih dilema.
Može se reći kako korupciju na osobnoj razini može uzrokovati i loša ekonomska situacija, npr. kao službenik koji ne zarađuje dovoljno za život ili nije siguran hoće li imati posao sutra, zbog čega je motiviran dopunjavati svoj prihod primanjem mita. Međutim, korupcija ne ovisi samo o etici i lošoj ekonomskoj situaciji.
Druga skupina uzroka korupcije odnosi se na organizacijsku strukturu državne uprave/institucija i načine na koji se u tim institucijama odvijaju administrativni procesi te na specifičnosti procesa odlučivanja. Korupcija se javlja u situacijama u kojima se odluke koje se odnose na vrijednosti ili materijalna dobra donose bez uvida javnosti i bez odgovornosti onoga koji odlučuje. Karakteriziraju je monopol u donošenju odluka, široko diskrecijsko pravo uz manjak transparentnosti, lišeni odgovornosti.
Što dužnosnik/službenik ima veću slobodu u odabiru kada i kako će izvršiti neki zadatak, to je u većoj mogućnosti uvjetovati njegovo izvršenje zahtijevanjem koruptivne pogodnosti. Što su kriteriji odabira i operativne procedure u tijelima vlasti zatvoreniji i udaljeniji od očiju javnosti, to je veći prostor za korupciju.
Na institucionalnoj razini uzroci korupcije povezani su i s načinom na koji se odvija i kako je regulirano poslovanje te s administrativnim kapacitetom – sposobnošću države da obavlja svoje funkcije. Tamo gdje postoje nepotrebne prepreke (zakonske ili organizacijske) u ostvarivanju prava građana i dobivanju usluga. Zbog manjkavosti zakona, nedostataka organizacije poslovanja ili nedostataka u sustavu i gdje je pridržavanje zakonskim odredbama skuplje od njihova zaobilaženja, dolazi do pojave korupcije. Što su kompleksnije i dugotrajnije procedure koje građani moraju prolaziti da bi ostvarili neka svoja prava ili dobili neku uslugu, to je vjerojatnije da će građani ponuditi mito da se lakše “probiju” kroz te procedure. (Tu je pitanje plaća netko da bi brže ostvario svoja prava i to zbog manjkavosti sustava i organiziranja poslovanja koje uzrokuju kompleksnost i dugotrajnost procedura. Sektor u kojemu su točno određena pravila postupanja i rokovi i mehanizmi za ostvarivanje nekog prava ili usluge, ima manje korupcije).
Dakle, osim na osobnoj razini zbog nedostatka integriteta, korupcija je uzrokovana i na institucionalnoj razini i to okolnostima loše organizacijske strukture i neučinkovitog načina reguliranja poslovanja. Vrlo je bitna organizacija sustava prema principima dobrog upravljanja. Dobro upravljanje je, ukratko, najefikasnija prevencija i način sprečavanja korupcije. Dobro organiziran i upravljan sustav podrazumijeva odgovornost, efikasnost, transparentnost, osjetljivost i pravičnost njegovih institucija.